Σύμφωνα με τα πορίσματα της έρευνας ομάδας Ελλήνων αρχαιολόγων, που παρουσιάστηκαν στο 24ο διεθνές συνέδριο βυζαντινών σπουδών στη Βενετία, η χρονολόγηση της Εκατονταπυλιανής πρέπει να αναθεωρηθεί ριζικά, ξαναγράφοντας σχεδόν την ιστορία των Κυκλάδων.

Πιο συγκεκριμένα, στο συνέδριο ο έφορος Αρχαιοτήτων Κυκλάδων, Δημήτρης Αθανασούλης, που μελέτησε το μνημείο μαζί με τον αρχιτέκτονα, Σωτήρη Βογιατζή και την αρχαιολόγο, Βασιλική Συθιακάκη, είπε:

«Μέχρι σήμερα, η Εκατονταπυλιανή θεωρείται ένα εντυπωσιακό οικοδόμημα του 6ου αιώνα μ.Χ.. Μετά την εξαετή έρευνά μας όμως, πιστεύουμε ότι πρέπει να χρονολογηθεί στα τέλη του 7ου ή πιθανότερα στο πρώτο μισό του 8ου αιώνα μ.Χ. και να «μεταφερθεί» από την πρωτοβυζαντινή εποχή σε μια περίοδο που οι βυζαντινολόγοι ονομάζουν ως «μεταβατικούς αιώνες» και στην οποία πραγματοποιείται το πέρασμα από την ύστερη αρχαιότητα στον μεσαιωνικό κόσμο».

Σημειώνουμε ότι η Εκατονταπυλιανή, που θεωρείται κτίσμα της πρωτοβυζαντινής εποχής, χρονολογείται τώρα πιο κοντά στους μεσαιωνικούς χρόνους. Η έρευνα της που μελετήθηκε επισταμένως για τελευταία φορά στη δεκαετία του ’60 από τον Αναστάσιο Ορλάνδο (οι εκτεταμένες επεμβάσεις του οποίου, είπε ο κ. Αθανασούλης, δυσχέραιναν για δεκαετίες τις προσπάθειες αποκρυπτογράφησης των οικοδομικών φάσεων της Εκατονταπυλιανής), στράφηκε κατ’ αρχήν στη νέα προσέγγιση των ορατών χαρακτηριστικών του με έναν συνδυαστικό τρόπο: Ο τρούλος του μεγάλου ναού λόγου χάριν, που διαθέτει ημικυκλικό τύμπανο, η σύνθετη αρχιτεκτονική του παρεκκλησίου του Αγίου Νικολάου, η θολοδομία από πωρόλιθους, τα γλυπτά και οι τοιχογραφίες του, όλα συνηγορούν στην αναχρονολόγηση του μνημείου. Ένα εντελώς νέο στοιχείο προέκυψε και από την ανασκαφή της ομάδας στα θεμέλια του ναού, η οποία απέδωσε κεραμικά αντικείμενα που επίσης χρονολογούνται στις αρχές του 8ου αιώνα μ.Χ.

Σύμφωνα με τον αρχαιολόγο, Δημήτρη Αθανασούλη, τον 7ο και τον 8ο αιώνα μ.Χ. χτίζονται στις Κυκλάδες σημαντικά κάστρα και εκκλησίες, με την Εκατονταπυλιανή να είναι το κορυφαίο δημιούργημα. Σε δημοσίευμα της εφημερίδας «Καθημερινή» σημειώνεται:

«Αν τοποθετηθεί στα χρόνια του Ιουστινιανού, σε μια περίοδο ακμής της Βυζαντινής Αυτοκρατορίας, η Εκατονταπυλιανή είναι ένα «αναμενόμενο» μνημείο, Ωστόσο με τη μετάθεσή της στους μεταβατικούς αιώνες, ανατρέπεται η εικόνα που είχαμε για τις Κυκλάδες και το Αιγαίο εκείνης της περιόδου και αποδεικνύεται η στρατηγική σημασία τους». Τον 7ο αιώνα μ.Χ. οι Άραβες εξαπολύουν επίθεση κατά της Αυτοκρατορίας και καταλαμβάνουν τη Μέση Ανατολή, ενώ ταυτόχρονα ξεκινούν από το Αιγαίο θαλάσσιες επιδρομές κατά της Κωνσταντινούπολης. Σύμφωνα με τα νέα στοιχεία, προκύπτει ότι η Αυτοκρατορία όχι μόνο δεν εγκαταλείπει τότε τις Κυκλάδες, αλλά τις θεωρεί ζωτικό χώρο για την επιβίωσή της. «Χτίζονται νέα, σημαντικά κάστρα και εκκλησίες, με την Εκατονταπυλιανή να είναι το κορυφαίο δημιούργημα», συνεχίζει ο κ. Αθανασούλης, «που συνδέεται με τον έλεγχο των θαλάσσιων δρόμων προς την Κωνσταντινούπολη. Το ίδιο προκύπτει και από έρευνες που πραγματοποιήσαμε σε άλλα νησιά, όπου επίσης εντοπίσαμε οικοδομήματα του 7ου και του 8ου αιώνα μ.Χ. – για παράδειγμα σε Νάξο, Αμοργό, Ίο».

Την ανακοίνωση των Ελλήνων αρχαιολόγων στο συνέδριο θα ακολουθήσει μια σχετική, εμπλουτισμένη μονογραφία, καθώς και επιπλέον ανακοινώσεις για τις υπόλοιπες Κυκλάδες.